Основной герой игры — Рекс, подросток, тот, что, как и примерно все живые существа на планете, заражен нанитами — микросуществами, превращающими своего владельца монстра. Этих чудовищ называют E.V.O (Exponentially Variegated Organisms — Экспоненциально смешанные организмы). Впрочем мальчуган наделен редкой способностью руководить нанитами, что делает его необходимым помощником организации Providence, ведущей борьбу со злыми мутантами E.V.O. Совместно с Рексом юным игрокам предстоит дать отпор лиходею Ван Клейссу и его приспешникам, вознамерившимся...